Модель фермента нуклеозид-фосфорилазы

Автор: Пользователь скрыл имя, 12 Октября 2012 в 22:04, реферат

Описание работы

Ферме́нты, или энзи́мы (от лат. fermentum, греч. ζύμη, ἔνζυμον
— закваска) — обычно белковые молекулы или молекулы РНК
(рибозимы) или их комплексы, ускоряющие (катализирующие)
химические реакции в живых системах. Реагенты в реакции,
катализируемой ферментами, называются субстратами, а
получающиеся вещества — продуктами.

Скачать полностью (405.03 Кб) Сколько стоит заказать работу?
Работа содержит 1 файл

Ферменты.pdf

— 538.54 Кб (Скачать)
Page 1
Ферменты
1
 Ферменты
 Модель фермента нуклеозид-фосфорилазы
 Ферме́нты, или энзи́мы (от лат. fermentum, греч. ζύμη, ἔνζυμον
— закваска) — обычно белковые молекулы или молекулы РНК
(рибозимы) или их комплексы, ускоряющие (катализирующие)
химические реакции в живых системах. Реагенты в реакции,
катализируемой ферментами, называются субстратами, а
получающиеся вещества — продуктами. Ферменты специфичны к
субстратам (АТФаза катализирует расщепление только АТФ, а
киназа фосфорилазы фосфорилирует только фосфорилазу).
Ферментативная активность может регулироваться активаторами и
ингибиторами (активаторы — повышают, ингибиторы —
понижают).
Белковые ферменты синтезируются на рибосомах, а РНК — в ядре.
Термины «фермент» и «энзим» давно используют как синонимы
(первый в основном в русской и немецкой научной литературе,
второй — в англо- и франкоязычной).
Наука о ферментах называется энзимологией, а не ферментологией (чтобы не смешивать корни слов
латинского и греческого языков).
 История изучения
 Термин фермент предложен в XVII веке химиком ван Гельмонтом при обсуждении механизмов пищеварения.
В кон. ХVIII — нач. XIX вв. уже было известно, что мясо переваривается желудочным соком, а крахмал
превращается в сахар под действием слюны. Однако механизм этих явлений был неизвестен
 [1]
 .
В XIX в. Луи Пастер, изучая превращение углеводов в этиловый спирт под действием дрожжей, пришёл к
выводу, что этот процесс (брожение) катализируется некой жизненной силой, находящейся в дрожжевых
клетках.
Более ста лет назад термины фермент и энзим отражали различные точки зрения в теоретическом споре
Л. Пастера с одной стороны, и М. Бертло и Ю. Либиха — с другой, о природе спиртового брожения.
Собственно ферментами (от лат. fermentum — закваска) называли «организованные ферменты» (то есть сами
живые микроорганизмы), а термин энзим (от греч. ἐν- — в- и ζύμη — дрожжи, закваска) предложен в 1876
году В. Кюне для «неорганизованных ферментов», секретируемых клетками, например, в желудок (пепсин)
или кишечник (трипсин, амилаза). Через два года после смерти Л. Пастера в 1897 году Э. Бухнер опубликовал
работу «Спиртовое брожение без дрожжевых клеток», в которой экспериментально показал, что бесклеточный
дрожжевой сок осуществляет спиртовое брожение так же, как и неразрушенные дрожжевые клетки. В 1907
году за эту работу он был удостоен Нобелевской премии. Впервые высокоочищенный кристаллический
фермент (уреаза) был выделен в 1926 году Дж. Самнером. В течение последующих 10 лет было выделено еще
несколько ферментов, и белковая природа ферментов была окончательно доказана.
Каталитическая активность РНК впервые была обнаружена в 1980-е годы у пре-рРНК Томасом Чеком,
изучавшим сплайсинг РНК у инфузории Tetrahymena thermophila. Рибозимом оказался участок молекулы
пре-рРНК Tetrahymena, кодируемый интроном внехромосомного гена рДНК; этот участок осуществлял
аутосплайсинг, то есть сам вырезал себя при созревании рРНК.
Page 2

Ферменты
2
 Функции ферментов
 Ферменты присутствуют во всех живых клетках и способствуют превращению одних веществ (субстратов) в
другие (продукты). Ферменты выступают в роли катализаторов практически во всех биохимических реакциях,
протекающих в живых организмах — ими катализируется более 4000 разных биохимических реакций
 [2]
 .
Ферменты играют важнейшую роль во всех процессах жизнедеятельности, направляя и регулируя обмен
веществ организма.
Подобно всем катализаторам, ферменты ускоряют как прямую, так и обратную реакцию, понижая энергию
активации процесса. Химическое равновесие при этом не смещается ни в прямую, ни в обратную сторону.
Отличительной особенностью ферментов по сравнению с небелковыми катализаторами является их высокая
специфичность — константа связывания некоторых субстратов с белком может достигать 10
 −10
  моль/л и
менее. Каждая молекула фермента способна выполнять от нескольких тысяч до нескольких миллионов
«операций» в секунду.
Например, одна молекула фермента ренина, содержащегося в слизистой оболочке желудка теленка,
створаживает около 10
 6
 молекул казеиногена молока за 10 мин при температуре 37 °C.
При этом эффективность ферментов значительно выше эффективности небелковых катализаторов —
ферменты ускоряют реакцию в миллионы и миллиарды раз, небелковые катализаторы — в сотни и тысячи раз.
См. также Каталитически совершенный фермент
 Классификация ферментов
 По типу катализируемых реакций ферменты подразделяются на 6 классов согласно иерархической
классификации ферментов (КФ, EC — Enzyme Comission code). Классификация была предложена
Международным союзом биохимии и молекулярной биологии (International Union of Biochemistry and
Molecular Biology
[3]
 ). Каждый класс содержит подклассы, так что фермент описывается совокупностью
четырёх чисел, разделённых точками. Например, пепсин имеет название ЕС 3.4.23.1. Первое число грубо
описывает механизм реакции, катализируемой ферментом:
• КФ 1: Оксидоредуктазы, катализирующие окисление или восстановление. Пример: каталаза,
алкогольдегидрогеназа
• КФ 2: Трансферазы, катализирующие перенос химических групп с одной молекулы субстрата на другую.
Среди трансфераз особо выделяют киназы, переносящие фосфатную группу, как правило, с молекулы АТФ.
• КФ 3: Гидролазы, катализирующие гидролиз химических связей. Пример: эстеразы, пепсин, трипсин,
амилаза, липопротеинлипаза
• КФ 4: Лиазы, катализирующие разрыв химических связей без гидролиза с образованием двойной связи в
одном из продуктов.
• КФ 5: Изомеразы, катализирующие структурные или геометрические изменения в молекуле субстрата.
• КФ 6: Лигазы, катализирующие образование химических связей между субстратами за счет гидролиза
АТФ. Пример: ДНК-полимераза
Будучи катализаторами, ферменты ускоряют как прямую, так и обратную реакции, поэтому, например, лиазы
способны катализировать и обратную реакцию — присоединение по двойным связям.
Page 3

Ферменты
3
 Соглашения о наименовании ферментов
 Обычно ферменты именуют по типу катализируемой реакции, добавляя суффикс -аза к названию субстрата
(например, лактаза — фермент, участвующий в превращении лактозы). Таким образом, у различных
ферментов, выполняющих одну функцию, будет одинаковое название. Такие ферменты различают по другим
свойствам, например, по оптимальному pH (щелочная фосфатаза) или локализации в клетке (мембранная
АТФаза).
 Кинетические исследования
 Кривая насыщения химической реакции, иллюстрирующая соотношение между
концентрацией субстрата [S] и скоростью реакции v
 Простейшим описанием кинетики
(англ. Enzyme
kinetics)
односубстратных ферментативных
реакций
является
уравнение
Михаэлиса — Ментен (см. рис.). На
сегодняшний
момент
описано
несколько механизмов действия
ферментов. Например, действие
многих ферментов описывается
схемой механизма «пинг-понг».
В 1972—1973 г.г. была создана
первая
квантово-механическая
модель ферментативного катализа
(авторы М. В. Волькенштейн,
Р. Р. Догонадзе, З. Д. Урушадзе и
др.)
 [4][5][6][7]
 .
 Структура и механизм действия ферментов
 Активность ферментов определяется их трёхмерной структурой
 [8]
 .
Как и все белки, ферменты синтезируются в виде линейной цепочки аминокислот, которая сворачивается
определённым образом. Каждая последовательность аминокислот сворачивается особым образом, и
получающаяся молекула (белковая глобула) обладает уникальными свойствами. Несколько белковых цепей
могут объединяться в белковый комплекс. Третичная структура белков разрушается при нагревании или
воздействии некоторых химических веществ.
 Активный центр ферментов
 Изучение механизма химической реакции, катализируемой ферментом наряду с определением
промежуточных и конечных продуктов на разных стадиях реакции подразумевает точное знание геометрии
третичной структуры фермента, природы функциональных групп его молекулы, обеспечивающих
специфичность действия и высокую каталитическую активность на данный субстрат, а также химической
природы участка (участков) молекулы фермента, который обеспечивает высокую скорость каталитической
реакции. Обычно молекулы субстрата, участвующие в ферментативных реакциях, по сравнению с молекулами
ферментов имеют относительно небольшие размеры. Таким образом, при образовании фермент-субстратных
комплексов в непосредственное химическое взаимодействие вступают лишь ограниченные фрагменты
аминокислотной последовательности полипептидной цепи — «активный центр» — уникальная комбинация
остатков аминокислот в молекуле фермента, обеспечивающая непосредственное взаимодействие с молекулой
Page 4

Ферменты
4
субстрата и прямое участие в акте катализа
 [9]
 .
В активном центре условно выделяют
 [9]
 :
• каталитический центр — непосредственно химически взаимодействующий с субстратом;
• связывающий центр (контактная или «якорная» площадка) — обеспецивающий специфическое сродство к
субстрату и формирование комплекса фермент-субстрат.
Чтобы катализировать реакцию, фермент должен связаться с одним или несколькими субстратами. Белковая
цепь фермента сворачивается таким образом, что на поверхности глобулы образуется щель, или впадина, где
связываются субстраты. Эта область называется сайтом связывания субстрата. Обычно он совпадает с
активным центром фермента или находится вблизи него. Некоторые ферменты содержат также сайты
связывания кофакторов или ионов металлов.
Фермент, соединяясь с субстратом:
• очищает субстрат от водяной «шубы»
• располагает реагирующие молекулы субстратов в пространстве нужным для протекания реакции образом
• подготавливает к реакции (например, поляризует) молекулы субстратов.
Обычно присоединение фермента к субстрату происходит за счет ионных или водородных связей, редко — за
счет ковалентных. В конце реакции её продукт (или продукты) отделяются от фермента.
В результате фермент снижает энергию активации реакции. Это происходит потому, что в присутствии
фермента реакция идет по другому пути (фактически происходит другая реакция), например:
В отсутствие фермента:
• А+В = АВ
В присутствии фермента:
• А+Ф = АФ
• АФ+В = АВФ
• АВФ = АВ+Ф
где А, В — субстраты, АВ — продукт реакции, Ф — фермент.
Ферменты не могут самостоятельно обеспечивать энергией эндергонические реакции (для протекания которых
требуется энергия). Поэтому ферменты, осуществляющие такие реакции, сопрягают их с экзергоническими
реакциями, идущими с выделением большего количества энергии. Например, реакции синтеза биополимеров
часто сопрягаются с реакцией гидролиза АТФ.
Для активных центров некоторых ферментов характерно явление кооперативности.
 Специфичность
 Ферменты обычно проявляют высокую специфичность по отношению к своим субстратам (субстратная
специфичность). Это достигается частичной комплементарностью формы, распределения зарядов и
гидрофобных областей на молекуле субстрата и в центре связывания субстрата на ферменте. Ферменты
обычно демонстрируют также высокий уровень стереоспецифичности (образуют в качестве продукта только
один из возможных стереоизомеров или используют в качестве субстрата только один стереоизомер),
региоселективности (образуют или разрывают химическую связь только в одном из возможных положений
субстрата) и хемоселективности (катализируют только одну химическую реакцию из нескольких возможных
для данных условий). Несмотря на общий высокий уровень специфичности, степень субстратной и
реакционной специфичности ферментов может быть различной. Например, эндопептидаза трипсин разрывает
пептидную связь только после аргинина или лизина, если за ними не следует пролин, а пепсин гораздо менее
специфичен и может разрывать пептидную связь, следующую за многими аминокислотами.
Page 5

Ферменты
5
Модель «ключ-замок»
 Гипотеза Кошланда об индуцированном соответствии
Более реалистичная ситуация в случае индуцированного соответствия.
Неправильные субстраты — слишком большие или слишком маленькие — не
подходят к активному центру
 В 1890 г. Эмиль Фишер предположил, что
специфичность ферментов определяется
точным соответствием формы фермента и
субстрата
 [10]
 .
Такое
предположение
называется
моделью
«ключ-замок».
Фермент соединяется с субстратом с
образованием
короткоживущего
фермент-субстратного
комплекса.
Однако, хотя эта модель объясняет
высокую специфичность ферментов, она
не объясняет явления стабилизации
переходного
состояния,
которое
наблюдается на практике.
Модель индуцированного соответствия
В 1958 г. Дениел Кошланд предложил
модификацию модели «ключ-замок»
 [11]
 .
Ферменты, в основном, — не жесткие, а
гибкие молекулы. Активный центр
фермента может изменить конформацию
после связывания субстрата. Боковые группы аминокислот активного центра принимают такое положение,
которое позволяет ферменту выполнить свою каталитическую функцию. В некоторых случаях молекула
субстрата также меняет конформацию после связывания в активном центре. В отличие от модели
«ключ-замок», модель индуцированного соответствия объясняет не только специфичность ферментов, но и
стабилизацию переходного состояния. Эта модель получила название «рука-перчатка».
 Модификации
 Многие ферменты после синтеза белковой цепи претерпевают модификации, без которых фермент не
проявляет свою активность в полной мере. Такие модификации называются посттрансляционными
модификациями (процессингом). Один из самых распространенных типов модификации — присоединение
химических групп к боковым остаткам полипептидной цепи. Например, присоединение остатка фосфорной
кислоты называется фосфорилированием, оно катализируется ферментом киназой. Многие ферменты
эукариот гликозилированы, то есть модифицированы олигомерами углеводной природы.
Ещё один распространенный тип посттранляционных модификаций — расщепление полипептидной цепи.
Например, химотрипсин (протеаза, участвующая в пищеварении), получается при выщеплении
полипептидного участка из химотрипсиногена. Химотрипсиноген является неактивным предшественником
химотрипсина и синтезируется в поджелудочной железе. Неактивная форма транспортируется в желудок, где
превращается в химотрипсин. Такой механизм необходим для того, чтобы избежать расщепления
поджелудочной железы и других тканей до поступления фермента в желудок. Неактивный предшественник
фермента называют также «зимогеном».
Page 6

Ферменты
6
 Кофакторы ферментов
 Некоторые ферменты выполняют каталитическую функцию сами по себе, безо всяких дополнительных
компонентов. Однако есть ферменты, которым для осуществления катализа необходимы компоненты
небелковой природы. Кофакторы могут быть как неорганическими молекулами (ионы металлов,
железо-серные кластеры и др.), так и органическими (например, флавин или гем). Органические кофакторы,
прочно связанные с ферментом, называют также простетическими группами. Кофакторы органической
природы, способные отделяться от фермента, называют коферментами.
Фермент, который требует наличия кофактора для проявления каталитической активности, но не связан с ним,
называется апо-фермент. Апо-фермент в комплексе с кофактором носит название холо-фермента.
Большинство кофакторов связано с ферментом нековалентными, но довольно прочными взаимодействиями.
Есть и такие простетические группы, которые связаны с ферментом ковалентно, например, тиаминпирофосфат
в пируватдегидрогеназе.
 Регуляция работы ферментов
 У некоторых ферментов есть сайты связывания малых молекул, они могут быть субстратами или продуктами
метаболического пути, в который входит фермент. Они уменьшают или увеличивают активность фермента,
что создает возможность для обратной связи.
Ингибирование конечным продуктом
Метаболический путь — цепочка последовательных ферментативных реакций. Часто конечный продукт
метаболического пути является ингибитором фермента, ускоряющего первую из реакций данного
метаболического пути. Если конечного продукта слишком много, то он действует как ингибитор для самого
первого фермента, а если после этого конечного продукта стало слишком мало, то первый фермент опять
активируется. Таким образом, ингибирование конечным продуктом по принципу отрицательной обратной
связи — важный способ поддержания гомеостаза (относительного постоянства условий внутренней среды
организма).
 Влияние условий среды на активность ферментов
 Активность ферментов зависит от условий в клетке или организме — давления, кислотности среды,
температуры, концентрации растворенных солей (ионной силы раствора) и др.
 Множественные формы ферментов
 Множественные формы ферментов можно разделить на две категории:
• Изоферменты
• Собственно множественные формы (истинные)
Изоферменты — это ферменты, синтез которых кодируется разными генами, у них разная первичная
структура и разные свойства, но они катализируют одну и ту же реакцию. Виды изоферментов:
• Органные — ферменты гликолиза в печени и мышцах.
• Клеточные — малатдегидрогеназа цитоплазматическая и митохондриальная (ферменты разные, но
катализируют одну и ту же реакцию).
• Гибридные — ферменты с четвертичной структурой, образуются в результате нековалентного связывания
отдельных субъединиц (лактатдегидрогеназа — 4 субъединицы 2 типов).
• Мутантные — образуются в результате единичной мутации гена.
• Аллоферменты — кодируются разными аллелями одного и того же гена.
Page 7

Ферменты
7
Собственно множественные формы (истинные) — это ферменты, синтез которых кодируется одним и тем
же аллелем одного и того же гена, у них одинаковая первичная структура и свойства, но после синтеза на
рибосомах они подвергаются модификации и становятся разными, хотя и катализируют одну и ту же реакцию.
Изоферменты разные на генетическом уровне и отличаются от первичной последовательности, а истинные
множественные формы становятся разными на посттрансляционном уровне.
 Медицинское значение
 Связь между ферментами и наследственными болезнями обмена веществ была впервые установлена А.
Гэрродом в 1910-е гг. Гэррод назвал заболевания, связанные с дефектами ферментов, «врожденными
ошибками метаболизма».
Если происходит мутация в гене, кодирующем определенный фермент, может измениться аминокислотная
последовательность фермента. При этом в результате большинства мутаций его каталитическая активность
снижается или полностью пропадает. Если организм получает два таких мутантных гена (по одному от каждого
из родителей), в организме перестает идти химическая реакция, которую катализирует данный фермент.
Например, появление альбиносов связано с прекращением выработки фермента тирозиназы, отвечающего за
одну из стадий синтеза темного пигмента меланина. Фенилкетонурия связана с пониженной или
отсутствующей активностью фермента фенилаланин-4-гидроксилазы в печени.
В настоящее время известны сотни наследственных заболеваний, связанные с дефектами ферментов.
Разработаны методы лечения и профилактики многих из таких болезней.
 Практическое использование
 Ферменты широко используются в народном хозяйстве — пищевой, текстильной промышленности, в
фармакологии.
Ещё шире область использования ферментов в научных исследованиях и в медицине.
 Примечания
 [1] Williams, Henry Smith, 1863—1943. A History of Science: in Five Volumes. Volume IV: Modern Development of the Chemical and
Biological Sciences (http://etext.lib.virginia.edu/toc/modeng/public/Wil4Sci.html)
[2] Bairoch A. The ENZYME database in 2000 Nucleic Acids Res 28:304-305(2000). (http://www.expasy.org/NAR/enz00.pdf)
[3] http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/
[4] Волькенштейн М. В., Догонадзе Р. Р., Мадумаров А. К., Урушадзе З. Д., Харкац Ю. И. К теории ферментативного катализа.-
Молекулярная Биология, т. 6, вып. 3, 1972, ст. 431—439
[5]
[5] Волькенштейн М. В., Догонадзе Р. Р., Мадумаров А. К., Урушадзе З. Д., Харкац Ю. И. Электронно-конформационные
взаимодействия в ферментативном катализе.- Сб. «Конформационные изменения биополимеров в растворах», изд-во «Наука», Москва,
1972
[6]
[6] Урушадзе З. Д., Хидурели В. К. Квантовый расчет кинетики Элементарного акта биохимических реакций.- Сб. «Биохимия растений»,
т.1, изд-во «Мецниереба», Тбилиси, 1973
[7] Urushadze Z. About a Real Conceptual Framework for Enzyme Catalysis.- Bull. Georg. Natl. Acad. Sci., Vol. 173, No 2, Tbilisi, 2006, pp.
421—424
[8] Anfinsen C.B. Principles that Govern the Folding of Protein Chains Science 20 July 1973: 223—230
[9] Березов Т. Т., Коровкин Б. Ф. Биологическая химия: Учебник / Под. ред. акад. АМН СССР С. С. Дебова.— 2-е изд., перераб. и доп.—
М.: Медицина,— 1990.— 528 с., С 99-102. ISBN 5-225-01515-8
[10] Fischer E, «Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme» Ber. Dt. Chem. Ges. 1894 v27, 2985—2993.
[11] Koshland DE, Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1958 Feb;44(2):98-104.
Page 8

Ферменты
8
 Литература
 • Волькенштейн М. В., Догонадзе Р. Р., Мадумаров А. К., Урушадзе З. Д., Харкац Ю. И. К теории
ферментативного катализа.- Молекулярная биология, т. 6, вып. 3, 1972, ст. 431—439.
• Koshland D. The Enzymes, V. I, Ch. 7. New York, Acad. Press, 1959.
• Диксон, М. Ферменты / М. Диксон, Э. Уэбб. — В 3-х т. — Пер. с англ. — Т.1-2. — М.: Мир, 1982. — 808 с.
• Urushadze Z. About a Real Conceptual Framework for Enzyme Catalysis.- Bull. Georg. Natl. Acad. Sci., Vol.
173, No 2, 2006, 421—424.
Page 9

Источники и основные авторы
9
 Источники и основные авторы
 Ферменты  Источник: http://ru.wikipedia.org/w/index.php?oldid=48134473  Редакторы: 6AND5, APL, ASE W DAG, Abiyoyo, Al Silonov, Alex Smotrov, Alexandrov, Ariely, Berillium,
Bff, Bison, Cuaxdon, DIG, Dhārmikatva, EugenG, Gastro, Gatling, Glagolev, Gofman15, Goga312, Ilia Yasny, Jsg08, Klimenok, Kyosanshugisha, Lascorz, Lirenk, Marhorr, Massarkasch,
Meddoc13, Michaello, Nk, Pk boot, Pr., Purodha, RB, RN3AOC, Sealle, Shuvaev, Siliconov, Sirozha, Solon, The ghost, Victoria, Zinks, Алеко, Ботильда, Гриффин, Куллер, Павел Андреевич,
Раррар, Роман Беккер, Спящая, Шуфель, Ярик, 94 анонимных правок
 Источники, лицензии и редакторы
изображений
 Файл:Purine Nucleoside Phosphorylase.jpg  Источник: http://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Файл:Purine_Nucleoside_Phosphorylase.jpg  Лицензия: Public Domain  Редакторы:
NASA
Файл:Michaelis-Menten saturation curve of an enzyme reaction.svg  Источник:
http://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Файл:Michaelis-Menten_saturation_curve_of_an_enzyme_reaction.svg  Лицензия: Public Domain  Редакторы: fullofstars
Файл:Two substrates b.png  Источник: http://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Файл:Two_substrates_b.png  Лицензия: Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported
 Редакторы: User:Mcyjerry
Файл:Two substrates c.png  Источник: http://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Файл:Two_substrates_c.png  Лицензия: Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported
 Редакторы: User:Mcyjerry
 Лицензия
 Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported
//creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/

Информация о работе Модель фермента нуклеозид-фосфорилазы